Обновить сервер 2000 до 2003.
 

Стоит ли это делать путем установки поверх? Поделитесь опытом. На серванте стоит AD и куча всего уже два года. Сосем не климатит переустанавливать весь зоопарк. Если получилось из PDC второго уровня в 2000-м потом 2003-м домене сделать PDC первого уровня, то может и это прокатит?!

Насколько я знаю, можно поверх обновлять. Но я бы рекомендовал сходить на technet - позырить детали.
Например, 2000 Advanced server можно обновить поверх только до 2003 Server Enterprise Edition.
Ну и всяких таких мелочей достаточно много. Но в целом, все должно пройти безболезненно

UPD
Конкретно вот документ:
hxxp://download.microsoft.com/download/9/9/6/996f17f2-e008-4581-a26f-9098f87690e2/Upgwin2k.doc
И отсюда вот почитать стоит hxxp://www.microsoft.com/windowsserver2003/upgrading/w2k/default.mspx