Копирование файлов через USB порт
 

При копировании больших файлов Тотал командером через USB порт (1.1) наблюдается изменение скорости от 10 до 10000Kb. Через USB2.0 также скорость сильно меняется (до 100 раз). Что это может быть и как с этим бороться.

А можно по точнее, на какой носитель записывается?
Если на флешку то, там происходит (быстрое) заполнение буфера флешки. Из этого буфера флешка записывает себе данные. Так пока буфер занят происходит падение скорости.
PS. СМО однако ;)

Копирую на внешний HDD. Может быть поможет дать процессу копирования высший приоритет. Если да, то как это сделать и не повлияет ли это на что-нибудь еще. Например на скачивание, проводимое в это же время.

VZL, не возможно решить проблему наугад. Вы, пожалуйста, опишите характеристики устройств -- компьютера и внешнего HDD. Тогда помогут.
Приоритет всегда можно поставить Диспетчером Задач (Task Manager) в любой ОС.
Только обычно увеличение приоритета не помогает. ;)

1-й комп. Notebook Elitegroup Computer Systems A-900. Процессор VIA Cyrix III 733МГц (2002г.) USB 1.1 ОС Windows XP SP2 RUS. Память 256MB. Внешний диск SEAGATE 160GB (ST3160812A) Подключается через USB адаптор.
2-й. P-4 512Mb ОС Windows XP SP2 En USB 2.0 Внешний диск тот-же. Везде есть антивирус.