Настройка второго ДНС
 

Есть два сервера под управлением windows 2003. первый сервер - основной конторлер домена с днс. второму поднял роль до вторичного контролера домена. не получается правильно сконфигурировать второй днс. При изменении типа зоны с основной на дополнительную на нем исчезает галочка об интеграции зоны в AD.

А первый днс интегрирован в AD?

Это by design, если зона на первом контроллере AD-inegrated.
И это нормально, если зоны на обоих серверах будут Primary (AD-integrated).
почитать можно во многих местах, например, вот тут:
_http://technet2.microsoft.com/WindowsServer/en/library/358c7852-d23b-4668-adf5-6ad2fe001e9f1033.mspx

Да интегрирован, просто эта проблема никогда передо мной не вставала. Потому и не знаю как лучше будет. перерыл кучу доков, но нормальной инструкции с объяснением не нашел.

Это что еще такое?
Если имеется ввиду Secondary зона, то она естественно не интегрирована.
Потому то микрософт и ввел такое понятие как интегрированная зона AD, чтобы уйти от топологии Primary-Secondary, теперь типа все интегрированные в AD зоны являются Primary.

Как на обоих домен контроллерах прописал в свойствах TCP/IP протокола настройки DNS?