Пропадает HDD
 

Когда уходил утром поставил комп в ждущий режим, а вернувшись вечером включив комп оказалось что второй мой HDD пропал как будто и не было. Перезагрувшись винт обнаружился как новый и сейчас нормально работает без проблем. Пару дней такая же фигня была, но както необратил внимания, побумав что винда глючит. Никто не знает из-за чего это может быть?

Несовместимость железа/драйверов с ждущим режимом.
Можно попробовать обновить прошивку BIOS и все драйвера (хотя и не факт, что поможет), можно отказаться от использования ждущего режима.

может просто неуспевает полностью инициализироваться до того момента когда система его пытается определить ,

Нет, такая байда происходит, когда нехватает питания, или БП некачественный, конфу предоставь, у меня была подобная проблема, отваливались винты, чуть неугробил, равносильно что на горячую отключаешь.

Сегодня опять повторилась вчерашняя ситуация казалось бы Borland, прав, но если комп перевести в ждущий режим на 5-10 мин то винт не пропадает. Также хотелось сказать что этот винт (WD5000AAJS) первый который я подключил по SATA питанию (ибо выбора то у него нет), а то раньше таких проблем никогда не было.

Fallen Angel
Как насчет правил раздела?
Где конфигурация компа и операционная система???
+2 ! :mad:

Ладно вот конфигурация компа
Операционная система: Microsoft Windows XP (2002) Professional 5.01.2600 (Service Pack 2)
Процессор: Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 3.00GHz
Материнская плата: ASUSTeK Computer Inc. P4P800SE
Системный BIOS : American Megatrends Inc. 080009
Видеокарта: NVIDIA GeForce FX 5900XT
RAM: 2х512 Mb
Физические накопители:
WDC WD5000AAJS-00YFA0 3.5" 500Гб (SATA300, 7200rpm, NCQ, 8Мб Кэш)
ST3120022A 120Гб (ATA100, 2Мб Кэш)
SONY CD-RW CRX225E
PIONEER DVD-RW DVR-107D
Сетевая карта: Marvell Yukon Gigabit Ethernet 10/100/1000Base-T Adapter, Copper RJ-45
БП: Macropower MP-340AR

Fallen Angel
С очень большой вероятностью виноват БП.
См. http://imho.ws/showthread.php?p=1265226#post1265226 и ниже.
А у твоего БП мало того, что мощность "внатяг", еще для них характерен глубокий провал по линии 3,3V. http://www.alexnab.com/01hardware/index0121.htm#l04 . Линия 3,3V существенно используется на хардах SATA, что может привести к твоему эффекту.