Была подобная проблема года два назад и у меня.
Пропало с десяток профилей.

. Причина - некоректная работа юзверей и глюки мелкомягкого

.
Вылечилось только переходом на груповые профили (когда одним и темже профилем пользуются целый отдел, а изменить в нем ничего не может). Кстати это помогло навести некоторый порядок в сети, так как игрушки и порнуха спрятанные в профиле начали у пользователей попросту исчезать после перезагрузки.
Да и дисковое пространство экономится

.
Принцип такой:
1. Отдел пользуется сформированным для него профилем.
2. У каждого на сервере есть персональная папка тира \\server\user_name$
3. У каждого отдела есть персонональная папка обмена и хранения информации
4. Почтовый клиент автоматически настраивается под юзера и хранит почту на сервере.
5. Все необходимые мапы делаются скриптом при логине.
С тех пор - ниодной проблемы небыло, да и бекапировать все проще.
П.С. Да! а что бы юзвери не вопили что я к себе на том компе записал файл, а теперь на этом его не могу найти

- доступ к локальным веникам - только чтение