[Ghost]

Гыхм... Странно... Может будет лучше сделать так? Пишем на TurboPascal'е такую прогу:

uses
  dos;

var
  h, m, s1, s2, s0:      word;
  NeedSec, WaitSec, Err: integer;

begin
  if ParamCount = 0 then exit;
  val (ParamStr(1), NeedSec, err);
  WaitSec := 0;
  while WaitSec <> NeedSec do begin
    gettime (h, m, s1, s0);
    repeat gettime (h, m, s2, s0) until s2 <> s1;
    inc (WaitSec);
  end;
end.

Компилируем ее и получаем файл wait.exe (см. аттач). Кидаем его в system32, а потом вызываем в батнике с параметром "количество секунд ожидания", например:

wait 10

И сделать так: создать файл myStart.dat, например:

10|C:\WINDOWS\notepad.exe
10|C:\WINDOWS\system32\sol.exe

А в автозагрузку впихнуть файл myStart.cmd:

@echo off
for /f "tokens=1,* delims=|" %%i in (myStart.dat) do (
  wait %%i
  start "" "%%j"
)

Или не сам этот файл а его команду его запуска в background-режиме:

@start "myStart" /b myStart.cmd