О каком рассинхроне идет речь? Всегда пользовался VD, для отделения звука от видеопотока... отсоедененный аудиопоток нормализовал в любом аудио редакторе, а потом подключал обратно. Никаких рассинхронов не было.
Могут быть траблы только если монтировать видео поток с аудио в mp3 и на вопрос VD о корректировании заголовка ответить утвердительно... Тогда действительно звук будет не попадать с видео