Есть две программы, которые с гарантией могут справиться с "упрямыми" файлами: unlocker, который уже упоминал Dragon31337 и GiPO@MoveOnBoot Utility (двигает-удаляет файлы во время перезагрузки, до запуска win-процессов).
Кстати, один файл у меня на десктопе два месяца не хотел умирать.
Никакие ухищрения с explorer'om и т.д. не помогали. Только при помощи MoveOnBoot снёс.