Вроде получилось почистить AD от старых записей. Но переустанавливать сервер пока боюсь. Много работы и выводить на долго (в процессе Upgrad'a могут появиться непредвиденные проблемы) не могу. Пробую создать в имеющемся домене на базе 2000 с версией схемы 30 дополнительный контроллер домена на базе 2003, чтобы т.с. мягко перейти на 2003, а потом просто прибить старый контроллер. Так вот в процессе подъема 2003 отдельно стоящего сервера до DC в конце выдает ошибку:

Переустановка учетной записи сервера в домене и последующее перезаведение его в AD не привела ни к каким изменениям.