Когда из скрипта надо не просто выполнить команду, а ввести пароль или что-то еще запрашиваемое интерактивно, то тогда поможет замечательный язык - tcl, а в частности утилита expect.
Данная тулза ждет как только ей встретится интерактивная команда (содержащая слово "password" например), вводит пароль (который ты пишешь в скрипте, и выполняет команды какие ты напишешь в своем скрипте.
Для того чтобы работало это - нужно чтобы был установлен tcl + expect на Linux машине.
Пример скрипта c объяснениями можно увидеть вот здесь:
http://en.wikipedia.org/wiki/Expect#Examples