Сам с подобным не сталкивался, но глянул немного в гугле, пара вариантов:
1. Тупой 8) У некоторых с той же проблемой она решалась компиляцией из .bz2 дистриба, а не .tar.gz. Не спрашивай, почему 8)
2. Также возможны проблемы с отсутствием необходимых библиотек в местах, где их ожидает найти php. Варианта решения два - изучить внимательно вывод make на предмет ошибок типа file not found (см. обсуждение
тут); либо отрубить все модули, проверить, установится ли голый пхп, если да - постепенно включать модули, пока не локализуешь проблему.
Также посмотри вот
этот баг, про ту же проблему, похоже.