Попробуй отключить неиспользуемые каналы в SATA контроллере через виндовый диспетчер устройств. Также советую обратить внимание на утилиты BootVis и PageDefrag , c помощью первой можно определить что грузится и за сколько времени, а с помощью второй оптимизировать файлы при загрузке:
http://www.softpedia.com/get/Tweak/S.../BootVis.shtml
http://www.sysinternals.com/utilities/pagedefrag.html
PS. Вроде бы есть и более новая версия BootVis.