В БИОСе должен быть пунк выбора винта с какого грузиться (Hard disk boot priority). Посмотри, поменяй винты там должно помочь, при условии, что второй загрузочный и активный. Если нет сделай его активным через fdisk или даже средствами виндовс и попробуй стартануть. Еще можно попробывать запустить средства восстановления виндовс, там вроде должно быть восстановление загрузки системы (точно не помню
).