на домашнем компе, не сервере, без RAID, разница в скорости файловых систем практически незаметна. а для совместимости с разными прогами (тем же ghost'ом) стоит ставить ехт3.
Но если не ехт3, то хфс.
(Не забываем про своп партишн ?)
http://www.debian-administration.org/articles/388