Используй
foobar2000 - в нем есть встроенный конвертер. Правда по-умолчанию АРЕ он не понимает: нужно там же, на официальном сайте, зайти в
optional components - плугин для Мартышки первый в списке
UPD:
Все просто:
1) Качаешь с
оф.сайта свежую версию плеера, устанавливаешь;
2) там же, на сайте заходишь в раздел
optional components и качаешь оттуда свежую версию плагина "
Monkey's Audio decoding support" (fb2k по умолчанию не поддерживает формат АРЕ из-за косяков с лицензией, в то же время для WavPack и FLAC никаких дополнительных телодвижений не понадобится);
3) в скачанном архиве будет файл foo_input_monkey.dll: заходишь в папку, куда установил fb2k, там будет папка
components - в нее и надо бросить эту dll'ку;
4) перетаскиваешь файл .cue в окно fb2k (можно, конечно, и через file>open...

) и, если первые три пункта были выполнены правильно, в плейлисте отобразится список композиций;
5) давишь на вожделенном треке правой кнопкой крысы и в открывшемся меню выбираешь
convert>convert to... - откроется диалог в котором для первого раза можно просто нажать "ОК";
6) далее он спросит тебя, где ты хочешь сохранить файл - выбираешь нужную папку и ... ураааа!!! трек в виде отдельного wav-файла в считанные секунды улетает в указанную директорию.
7) вернемся к первому диалогу: по умолчанию там выбран формат WAV, а в раскрывающемся списке есть еще куча пресетов с ogg, mp3 и т.д., но не все так безоблачно: эти кодеры в поставку плеера тоже не входят и при первой попытке пожать музец он потребует указать путь к exe'шнику кодера, который без проблем можно нарыть в нете с помощью google.ru

. Пресеты можно добавлять/удалять/изменять, для этого жми кнопку "More settings"
Вот, собсно, и все. Будут еще вопросы - милости просим