Лучше всего для разбиения ape образа на отдельные треки использовать специально для этого предназначенную прогу - cue splitter.
http://cue-splitter.enfis.it/
Есть еще тьюториал как раз по теме, на английском.
http://www.monkeysaudio.com/smf/index.php?topic=1854.0
Советую для нормальной работы установить родной конвертер Monkey's Auduio с сайта
http://www.monkeysaudio.com/ и почитать к нему хелп.