[AndreyN]

На первый поставить систему и SQL2000 (разбив его примерно в соотношении 20%+70%+10%), а файлы SQL (*.mdf и *.ldf) и 1С разместить на втором диске (разбивать его не имеет большого смысла. Имеет смысл установить на этом разделе максимально возможный размер кластера, т.к. файлы в основном будут большие).
Т.о. система будет независима (в смысле занятости головок на винтах и шины контроллера дисков во время чтения-записи) от 1С и наоборот. Работал с 1Cv8 или нет, в этом случает значения не имеет. Главное - это понимание принципов работы операционной системы, жестких дисков и контроллеров: данные отдельно - система отдельно.

P.S. На 70% сделал бы архив для данных SQL, а на последних 10% диска №1 я бы разместил область восстановления акронис и регулярно делал бы туда бэкапы системного раздела.