То есть, системный диск переместился на другой канал? Ну, вот и разгадка...
Загрузчик NT/2k/XP/2k3-систем & boot.ini
P.S. Даже необязательно на другой канал. Если диски были настроены на определение Master/Slave в режим "Cable select" - достаточно просто подключения к другому разъёму на шлейфе...