Может легче тогда будет поставить пакет Denwer - там MySQL есть уже встроенный (связка Apache+PHP+Mysql) как раз то, что нужно.... и сервис должен сам запустить, если не получится - посмотри настройки файервола и в службах поройся, может какая-нибудь служба "запуск служб" отключена (если такая вообще существует....
). Еще возможно, что на 2003 свой mysql какой-нибудь, я ставил на XP и на 2000 чисто апач и мускул, все было пучком...