у меня на одном диске но все же думаю что принцып тотже:
ставь первим Windows и ее загрузчиком будем грузить FreeBSD
1. в FreeBSD - у тебя соответственно другой раздел!!!!
(/dev/ad0s5) — раздел, на котором находится FreeBSD
# dd if=/dev/ad0s5 of=bootsect.bsd bs=512 count=1
2.Помещаем файл bootsect.bsd на диск c:, затем добавляем следующие строки в конец файла с:\boot.ini
c:\bootsect.bsd="FreeBSD 6.2"
и должно работать

если нужно именно загрузчиком FreeBSD грузить, то нужно записать в MBR загрузчик FreeBSD,
то можно воспользоваться Хендбуком, где описано как это сделать:
# fdisk -B -b /boot/boot0 device
device - хард с окошечками
есть вопрос: а ты FreeBSD ставил как в систему?? тоисть там 2 харда было и он был вторым??
ато нюансы есть............