Я PTAssembler пользую давно. Вполне устраивает. Можно PTGUI там плагины те-же. Кстати, если пользуешь плагин enblend, то срочно меняй его на smartblend. Он куда деликатнее работает. Только если будешь пихать в PTA, то надо переименовать его enblend. Недавно autopano tool попробовал. Довольно шустро работает, но если снято не очень, то клеит с проблемами.
А в ручною клеить это геморрой еще тот. Я имел ввиду что клеил тот кусок к остальной картинке. А клеить все ни разу не пытался. Статей по ручной склейке не видел в природе. Вытягигивал всяко-разно через transform->warp и вытирал лишнее. Удовольствие еще то.