Брошу своих пять копеек в сторону
mp3DirectCut 
В свое время перепробовал много программ, но ничего удобнее не встречал - маленькая, быстрая, никакой перекомпрессии файла, что особенно важно для аудиокниг - есть опция резать после паузы, т.е. не порежет файл посередине слова. Про ограничения размера файла не скажу, вроде нет их, во всяком случае я с этим не сталкивался...