mrj,
Portable скорее всего будет отличаться от "обычной" тем что у нее все внутренние пути будут относительные, (то есть не стиля e.g. C:\Program Files\Miranda\Plugins\newlog.log, а вот такого типа: Miranda\Plugins\newlog.log) то есть куда бы ты ее не положил она правильно подцепит нужный файл внутри своей папки
в принципе, насколько я знаю, полная поддержка таких путей внедрена еще с версии 0.5
так что если у тебя все сделано аккуратно, миранда за пределы своей папки лезть не должна