В настоящее время широко применяются несколько алгоритмов кодирования — CAST (128-битный ключ), Blowfish (448-битный ключ), Twofish (256-битный ключ) и Rijndael (также известен как AES, 256-битный ключ). На вопрос о лучшем выборе алгоритма есть ответ - все предложенные варианты хороши. Алгоритм CAST-128 устойчив к линейному и дифференциальному криптоанализу, и может быть взломан только методом полного перебора. Twofish и Blowfish являются устойчивыми и быстрыми шифрами, об уязвимости которых ничего не известно. Rijndael является победителем конкурса на AES (Advanced Encryption Standard) и в 2000 году стал стандартом в США. Если предположить, что эти алгоритмы могут быть взломаны только методом полного перебора, то ключи длиной 128 бит смогут противостоять атакам в течение многих десятилетий, а ключи длиной 448 бит исключают даже теоретическую возможность атаки.
Так что выбор за Вами.
Программы применяющие данные алгоритмы можно найти по ссылкам:
http://www.securstar.com/products_drivecryptpp.php
http://www.pgpru.com/
http://www.tamos.ru/
http://www.truecrypt.org/downloads/
http://www.jetico.com/