Winrar в корне диска c:? Оригинально...
Если такая команда выдаёт в результате упакованную папку Winrar (это что, весь диск получается?
) - значит, каталогом запуска для неё является папка Winrar. Чудес не бывает...
Что мешает указать в командной строке полный путь к архивируемым файлам? Почему вызов идёт через RUN, а не через START или вообще напрямую?