А как удобнее, так и записывай.
Если, конечно, нет каких-то специфических требований к формату файла данных...
Если же формат файла жёстко задан либо есть какие-то ограничения на него - тогда способ записи будет определяться именно этими ограничениями.
Двумерный массив (матрицу) целых чисел Nx3 ИМХО проще всего построчно сохранять в файл формата CSV (3 числа в строку, разделители - запятые).
Команду записи форматированной строки в файл для VB.Net я думаю найдёшь сам...
Цикл по n тоже организуется на раз.