[Borland]

Файл субтитров - обычный текстовик? Тогда нифига никакая программа порезать и фильм и субтитры не сможет...
Субтитры по-любому придётся править руками в текстовом редакторе...
Причём, если для первого куска достаточно просто "отрезать лишнее", то для остальных придётся высчитывать таймлайн заново, вычитая из имеющегося длительность предыдущих кусков.
В общем, геморрой тот ещё, но никакого софта для автоматизации этого процесса не существует в принципе.
Есть вариант "вклеить" субтитры в фильм в качестве элемента видеоряда, но потребуется полное перекодирование фильма, от которого качество ухудшится. И субтитры, естественно, будут неотключаемые...
Формат DVD позволяет "вклеить" субтитры в VOB, но делается это явно не в Nero. И придётся изучать DVD-авторинг...