Файлы лежат локально.
1. Старый формат xls, новый xlsx.
2. Дополнительных надстроек (по сравнению со стандартными установками) нет.
3. По возможности так и стараюсь делать. Но, т.к. у внешних пользователей в основном стоит старый офис, достаточно часто приходится работать одновременно и в старом и в новом формате.
4. Ну, NOD32 по крайней мере ничего не находит. Такая проблема, насколько я понял покопавшись в интернете, есть не только у меня, это какой-то врожденный косяк 2007. См., например, здесь:
http://forums.microsoft.com/technet-ru/ShowPost.aspx?PostID=2399857&SiteID=40