С проверкой чего?
И еще сделайте strace удаления файла:
Код:
starce rm -f /var/www/site/tmp/sess_365bb7988383db9df7b93da3d01bfee5 &> starce.log
И пожалуйста, одного файла, не надо всех рекурсивно - как видите, мусора и так хватает.
добавлено через 2 минуты
А, и еще, про FS случаем в логах ничего нету?? Сам винт нормальный, живой, СМАРТ параметры все в норме? Я к тому что это не могут быть просто проблемы чтения некоторых участков?