По поводу sysinternals - см. lsof и strace (первая в sysutils, вторая - в devel).
Полезная вещь при работе с qmail.
Поскольку обзор пока результатов не дал - посмотри лог qmail-send, локальная доставка тоже в ее ведении.
Так кто занимается раскладкой писем? vpopmail?
.....
Да, кстати - spamassasin и clamav присутствуют? У них все нормально? В них письмо передается пайпом вроде, и при сбое испаряется...