Ничего. Идея в том и заключается, чтобы всё переустановить
начисто. В т.ч. все программы.
Дабы в системе не было никакого мусора и вообще ничего лишнего.
А чтобы в следующий раз переустановка происходила быстрее - поставьте всё самое необходимое+все обновления от M$ и
сделайте образ системы. Тогда восстановление работоспособности будет занимать минут 10...
Не ставьте лишних программ "чтобы было". Adobe CS4 - классный софт, но тех, кому он реально нужен - считанные единицы. M$ Office 2007 в комплектации Enterprise тоже весьма хорош, но зачем его ставить целиком, если из него всего реально нужен Word 2 раза в год - тож не понимаю...

И т.д и т.п. "Лучше меньше, да лучше".
Не используйте "Супер-пупер-гипер"-сборки и "драйверпаки" с "апдейтпаками" от народных умельцев.
Чем меньше доп. программ в системе - тем она устойчивее и шустрее.
offtop
У меня лично виста уже больше 2 лет без переустановок работает (последние полгода - круглосуточно), и вполне себе шустро и безглючно... А на втором компе XP притормаживает, и сильно - так она с 2004 года стоит, и комп слабый относительно. Переустанавливать влом...