[Alex Dark]

Ну тогда, пару слов от себя.
Пару лет назад у нас был отдел, который централизованно разрабатывал единую конфу для всех подразделений (дело может и мудрое но не благодарное) и одним из моментов автоматизации было получение информации о финансовом состоянии контрагента, в том числе подстановка документов об оплате в с/ф.
т.к. эта конфа разрабатывалась для всех, то в основном этот кусок работал у всех нормально и до определенных условий (т.е. деньги соответствовали реализации). Это сильно расхолаживало и в результате приходилось како-го нибуть контрагента перебивать, потому что ленились проверять, а в конце не знали вообще что делать.
В твоем случае, можно написать обработку, которая за какойто период:
1 в ТЗ собирала все документы с/ф (в том числе с указанными документами оплаты, название документа по формату)
2 Выбирала по банку и кассе поступления от контрагентов из ТЗ
3 "анализировала" и прописывала явные платежи (совпадение по сумме и дате)
4 отчет по платежам и с/ф для "ручного" заполнения необработанных с/ф

Ну где то так. на вскидку.