Исчерпывающее описание проблемы...

Могу предположить, что разъём микрофона с "морды" просто не подключён к материнской плате. Возможно, что
сферическая модель материнской платы в вакууме 
просто-напросто лишена соответствующего разъёма. Возможно, разъём есть, но требуется включить его соответствующим джампером на материнской плате или опцией в BIOS... Возможно, неисправен разъём на "морде" или шлейф, которым он подключается...
ОС здесь явно ни причём, раз сзади микрофон работает (с точки зрения ОС микрофон в системе один, и, насколь я знаю, она не различает передний и задний разъёмы и не может отключать их по-отдельности).