Винда - она такая...
Скрытый системный раздел (на 100Мб) создаётся по умолчанию только при установке на неразмеченный диск, всё остальное место отдаётся под один раздел. В противном случае системным назначается первый из имеющихся первичных разделов (и не скрывается), а винда может быть установлена в этот же или любой другой имеющийся раздел либо создаст себе раздел в неразмеченной области (по вашему выбору).
И не внося изменений в дистрибутив по другому не получится...
Требуемые изменения в дистрибутив (если есть такое желание) можно внести при помощи
Windows Automated Installation Kit.
Мне лично показалось более простым (хотя и не настолько
изящным как хотелось бы) решение с бэкапом данных, сносом всех разделов, установкой винды
как она считает нужным и последующим перераспределением места на диске
как нужно мне...