yut, Причин много, но основная - твики реестра или установка программ-"улучшателей" типа shell icons и их некорректное удаление.
1. Попробуйте 
удалить кэш иконок.
2. посмотрите в разделе реестра
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\U  ser Shell Folders проверьте параметр Desktop (тип и значение) 
3. почитайте 
ТУТ Возможно натолкнёт на какие-нибудь идеи...
4. Добавлю ссылку 
Микрософт - Desktop shortcuts disappear in Windows 7
 и цитату с 
Руборда
	Цитата:
	
	
		
			
				Столкнулся сам с такой проблемой, решение нашел на сайте поддежки Майкрософт.   
Раз в неделю служба устранения неполадок компьютера производит проверку компьютера, и если на момент проверки какой то из ярлыков не работает, то этот ярлык автоматом удаляется. У меня такое было с ярлыками на сетевое окружение и с ярлыком на флешку, получалась такая картинка: если в момент проверки флешка не была задействована, такой ярлык считался поврежденным и удалялся. Имеется 2 варианта устранения неполадки:    
1. Уменьшить количество ярлыков (если поврежденных ярлыков меньше 4 шт, то они не удаляются)   
2. Отключить данную проверку: Пуск - Панель управления -в группе система и безопасность - поиск и устранение проблем - в левой колонке настройка - и далее радиобаттон поставить в положение отключить..
			
		 |