Т.е. Касперский, видать, как и Nod, лечить заражённые файлы не умеет, поэтому просто их удаляет. Конечно, после такой экзекуции системных файлов просто не остаётся, и единственный способ всё восстановить - это переустановить Windows поверх.
Используйте хорошие антивирусы, такие, как DrWeb или в крайнем случае Symantec.