2 yut
Признайся, у тебя "сборка" какая-нибудь стоит?
По поводу пропадания ярлыков с десктопа - скорее всего, уже настроена "Очистка рабочего стола". Если ты туда не лазил сам, то это 100% "сборка".
Как это "пофиксить" написано
ЗДЕСЬ.
По основному вопросу темы также есть "подвижки" - с переходом на SSD Intel 520 series путём копирования диска фирменной утилитой переноса системы для SSD Intel проблема пропала сама собой.
Есть жестокое подозрение что при загрузке ОС c БОЛЕЕ МЕДЛЕННОГО HDD (по отношению к SSD) ответственной за иконки службой они каким-то образом периодически просто не успевали загрузиться...