Системные требования у них одинаковые (во всяком случае - указанные на коробке).
Ядро у 2008R2 - 6.1, у 2012R2 - 6.3. M$ утверждает, что 6.3 лучше, чем 6.1...
Единственная пришедшая мне в голову причина для использования 2008R2 вместо 2012R2 - это отсутствие лицензий на 2012 при наличии 2008. Ну или капризный софт, заточенный именно под 2008 и глючащий на 2012.
Если уж начат переход на 2012, то имеет смысл его везде и использовать.
