В конфиге, судя по всему, все прописано правильно. Internal Server Error может вылетает из-за ошибки работы скрипта.
Проверь имеется ли первая строчка типа #!/usr/bin/perl Если переводы строк виндовые, эту строчку сервер может не понять. Или, может, Перл сидит в другом каталоге.
Может быть ты забываешь первым делом выводить HTTP-заголовок (print "Content-type: text/html\n\n"
Советую почитать логи сервера.