http://www.javaworld.com/javaworld/t...ols-index.html
Вот пожалуй наиболее полный список что есть на свете.
Если приложение простой клиент-сервер (на рабочей машине запускается Swing/Awt и работает с базой данных), то вполне хватит JBuilder* Personal (хотя это сильно урезанный вариант). Но JB Personal имеет лицензионные ограничения.
Попробуйте NetBeans 3.4.1 (уже есть betta 3.5). Его хватает и на Swing и на Web. Для EJB придётся в любом случае использовать дополнительные средства.
Ещё, на горизонте J2SDK 1.4.2 / 1.5. Учитывая что проект большой, то к середине работы, когда будет определено направление движения, появиться новая версия J2SDK и новые варианты решений (+улучшенные версии IDEs). Так что лучше пока определить что конкретно вы собираетесь делать и какое ПО выбираете. Дальше придёт конкретика.
P.S.
Настоящие проблемы начинаются когда необходимо наладить взаимодействие между людми в команде и между командами. Это гораздо важнее выбора между средой A и B.