Одна программа вычистить мусор не может, разные , они сканируют разные "сектора" и (или) ищят по различным признакам. По качеству (точнее количеству) неправильных элементов обнаруживаемых в реестре, пока что приятно удивляли 2 проги, NGB RegClean + Registry Medic. В эту компанию можно домешивать (или лучшге заменять одну) WinDoctora c Norton Utilites.
И даже после всех этих прог, какой-нить System Mеchanic, который чистить регистр, мягко сказать слабо, и тот найдет чегонить, даже на машине поддерживаемой в порядке.
Тяжело уже припомнить, что именно, но после этого зверя пришлось 98 переинсталировать