[alexey_ma]

check_alpha("12AbBC54","AABBCC")=1
Помоему должен быть 0, поскольку порядок не тот, во второй строке не подстроки ABC.
Ну а с циклами можешь попробовать примерно так:

int check_alpha(char *s1, char *s2)
{
	int i=0;
	int j=0;
	char* ss1=s1;
	char* ss2=s2;
	int res=0;
	for (*ss1;*ss1;ss1++)
	{		
		if (*ss1>='A' && *ss1<='Z')
			i++;
		else
			continue;

		for(*ss2;*ss2;ss2++)
		{			
			if (*ss2>='A' && *ss2<='Z')	
				j++;
			else
				continue;
			if(*ss1==*ss2 && j==i)
			{					
				res++;
				ss2++;				
				break;
			}
			else
			{
				res=0;
				ss2++;	
				return check_alpha(s1,ss2);
			
			}
		}
	}
	if(res==i)
		return 1;
	return 0;
}