j2sdk-1_4_2-doc.zip -- вполне приличная документация (родная!). Есть описание по пакетам (классам) и объяснения по технологиям/направлениям (security, jdbc...)
Пакет это группа классов (файлов с расширением .class) в пределах одного каталога. Скажем все файлы (всё что в подкаталогах относится к другим пакетам !!!) в папке java.unitl относятся к одноименному пакету. Причём регистр букв для названия пакета и каталога должен совпадать. Т.е. если ты будешь использовать пакет MY.soFt, то и каталог у него должен называться также. Это пришло из Unix.
Хотя пакет может называться my.soft.super.calculator, это не значит что достаточно создать один каталог с таким именем и всё. Нужно разделить имя пакета на все составляющие разделённые точками и создать вложенную структуру из 4-х каталогов: mkdir my\soft\super\calculator
В общем, чтобы разобраться в основах пакетов и классов хватит любой русской книжки. Что-то типа Java1.1 от O'Reily
150...300... Речь шла о стандартных пакетах входящих в состав JSDK. А пакетов может быть немеряно. Каждая программа на Java состоит как минимум из одного пакета!
P.S.
Java очень любит цеплять .jar файлы (в принципе тот-же ZIP), и использовать заархивированные пакеты
-- в общем так и надо.
Пока не сильно забивай себе голову. Мудрость приходит со временем...