Что-то не припомню такой возможности. В свое время у меня была проблема - терминальные клиенты должны были запускать DOS-программы. Программы были написаны криво, поэтому занимали 98% процессорного времени каждая. То есть если загружались 2 программы, одна отнимала 50%, другая - 48%, и т.д. В общем на тот момент (год тому назад) не было такого средства. Пришлось отказаться от терминал-сервера. В твоем случае есть 3 варианта:
1. Некоторые приложения можно (и нужно) "затачивать" под терминал-сервер. Например, MS Office можно сконфигурить через ресурс-кит.
2. Есть программуля BAD APPLES
http://www.thesto.com/badapplesinfo.html, однако у меня не делала того, что хотелось и как это будет работать на терминал-сервере никому не известно.
3. Понижать приоритеты "жадных" процессов. Как это автоматически делать не помню, но кажется можно.