Когда window.open() открываешь окно, то указываешь его имя. Вот через это имя и обращайся. Например: win_name.document.forms[0].elements[0].value .
Код:
mywin = window.open("http://something.ru/page.html","mywinname");
mywin.document.forms["form_name"].elements["elem_name"].value