[Borland]

Agent_Smith
Это - не баг, это фича!
На первый физический диск (у Тебя - Primary master) в раздел Primary Active все операционки пишут свой загрузчик. Соответственно, когда Ты снимаешь винт с загрузчиком, система перестаёт грузиться.
Решение может быть такое: устанавливать ОС на Primary Slave в отсутствие диска Primary master (указав в БИОС Primary Slave в качестве загрузочного устройства), затем вернуть Primary master на место (и загрузку с него тоже!) и установить на него мультизагрузчик (типа Acronis OS Selector). Тогда в отсутствие Primary master можно будет выставить в БИОС загрузку с Primary slave и спокойно грузиться с него. А при наличии Primary master мультизагрузчик предоставит возможность загрузиться с любого из двух винтов.