Для закрытия созданного окна необходимо иметь на него ссылку. Эту ссылку следует хранить в глобальной переменной, чтобы иметь доступ к ней до тех пор, пока главный документ загружен в броухер.
Пример:
var objwin = window.open("mypage.html","Моя страница")
obwin.close()
Почему бы в ссылках не указывать, например так:
<a href="http://myweb.com/mainpage.html" Target="myMainWindow">Main Page</a>