Да, что-то тупит IE. Настроек, которые бы могли убрать этот диалог просто нет.
Есть простая идея - использовать IIS. Пишем простой asp (можно и не asp) скрипт, который возьмет из параметра комманду и запустит ее. Т.е. на странице получим ссылки вида:
http://127.0.0.1/winexec.asp?run=<комманда>