Plague
Не успел сообщить. Получилось в лучшем виде при помощи Womble MPEG Editor (тот же MPEG-Vcr), правда без всякого фиксера. Разделил на три части, получил MPG. Light Alloy с первого запуска его не увидел, пришлось указать всегда открывать ему эти файлы. После этого все встало на свои места. Файлы получились после резки именно mpg-vcr.
Всем за помощь спасибо!