[FantomIL]

Разница как это работает есть.
И, если я сказал, что не вижу принципиальной разници между coLinux и cygwin, то я выражаю свое мнение, как пользователя. Возможно, что с точки зрения программера, занимающегося низкоуровневыми задачами это большое достижения, но я сужу с точки зрения юзера...
Ядро Линукса, в данном случае, исполняется в привилегированном режиме (согласно цитате в "нулевом кольце" процессора), но для этого используется драйвер ведущей операционной системы (в данном случае - Виндовс).
Ядро Линукса!!! То есть Линукс-приложения исполняются не некой операционной системой, которая может запускать исполняемые файлы обеих ОС, а самим Линуксом. Этот драйвер должен постоянно опрашивать обе операционки, переключаясь между ними. И, если я правильно понял, нельзя даже копировать, скажем, строку текста в Линукс-моде и вставить ее в Виндовс-моде. То есть, это две системы, которые общаются между собой с помощью виртуального сетевого интерфейса (если я ошибаюсь, поправьте меня). Ко всему прочему, coLinux не работает с аппаратной частью напрямую, а делает это через специальные драйверы. Аппаратные прерывания транслируются ими в обычные системные вызовы ведущей ОС (это разве не эмуляция?).